Квантовая химия. Gamess
Gamess — пакет для квантовохимических расчётов.
Содержание
1 Общая информация
- Название: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System (GAMESS).
- Сайт: http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/gamess.html.
- Лицензионное соглашение: позволяет использовать GAMESS бесплатно, но только сотрудникам конкретной организации, получившей эту лицензию.
- После регистрации для скачивания доступен исходный код программы, но его передача сотрудникам других организаций запрещена, вместо этого следует сообщать адрес сайта разработчиков, чтобы желающие самостоятельно регистрировались и лицензировали своё использование GAMESS.
- Регистрация выполняется однократно. Впоследствии на зарегистрированный почтовый адрес высылается ссылка для скачивания.
- Релизы делаются 2 раза в год: 31 июля и 30 сентября.
- Возможно использование как компилятора gfortran из состава GCC, так и ifort от Intel.
- В качестве реализации MPI для распараллеливания выполнения между узлами можно использовать OpenMPI, Intel MPI, mvapich2.
- В качестве математической библиотеки можно использовать или Atlas, или MKL от Intel.
2 Сборка
2.1 Скачивание исходных кодов
- Примите лицензионное соглашение: https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/License_Agreement.html.
- На странице https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/:
- введите свой email-адрес;
- запросите необходимый вариант скачивания.
- Если почтовый адрес уже зарегистрирован, то Вы получите письмо со ссылкой для скачивания и паролем.
- Если почтовый адрес не зарегистрирован, Вас попросят ввести данные о себе.
2.2 Подготовка
- Работа с GAMESS описана в файлах с расширением
DOC
. - Первый файл —
INTRO.DOC
, описанию установки посвящён файлPROG.DOC
. - Конкретные инструкции по установке надо смотреть в файле
~/compile/gamess/machines/readme.unix
.
2.3 Конфигурация
- На этом этапе запускается скрипт
config
, который спрашивает о конфигурации, которая будет использоваться (реализация компилятора, MPI, …). - Запустить скрипт:
cd ~/compile/gamess ./config
- Результат конфигурирования находится в файле
install.info
.
2.4 Компиляция
2.4.1 Make
- Можно скомпилить всё с помощью
Makefile
:cd ~/compile/gamess make
2.4.2 Вручную
- Можно всё это сделать и вручную.
Компиляция DDI
Затем необходимо скомпилировать DDI (Distributed Data Interface).
Описание:
machines/readme.unix
иddi/readme.ddi
.При компиляции используются значения, указанные ранее при выполнении ‘config’.
При необходимости можно скорректировать файл
~/compile/gamess/ddi/compddi
, увеличив максимальное количество процессорных ядер в сервере и максимальное количество серверов, которые будут использоваться.Значения по умолчанию:
set MAXCPUS=32 set MAXNODES=1024
Скомпилируйте DDI:
cd ~/compile/gamess/ddi ./compddi
- При успешной компиляции последние строки будут содержать фразу DDI compilation ended successfully.
Компиляция GAMESS
- Скомпилим GAMESS:
cd ~/compile/gamess ./compall
- Скомпилим GAMESS:
Линковка
- Слинкуем полученные объектные файлы чтобы получить исполняемый файл GAMESS. В качестве параметра скрипту передаётся
version number
, который мы задали при конфигурировании:cd ~/compile/gamess ./lked gamess 00
- В результате в директории
~/compile/gamess
появится исполняемый файлgamess.00.x
.
- Слинкуем полученные объектные файлы чтобы получить исполняемый файл GAMESS. В качестве параметра скрипту передаётся
2.5 Установка
- Скопируйте файл
gamess.00.x
в/usr/local/bin
. - В качестве запускающего файла можно использовать скрипт
rungms
. - Обратите внимание, что он требует
csh
для исполнения. - Необходимо установить нужные значения переменных в этом скрипте.
- Скопируйте файл
rungms
в/usr/local/bin
.